全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。这些后来被称为卡巴内的怪物，拥有被钢铁皮膜包覆的心脏，但凡被它们啃咬的人也会变成巴卡内。卡巴内爆发性地增殖，并覆盖了全世界。

在远东岛国日本，乘搭着被厚重装甲覆盖的蒸汽机车（通称“骏城”）之一的甲铁城上的生驹等人，经过激烈的战斗，终于到达了卡巴内与人类的新的攻防战地点——面向日本海的废弃驿“海门”。

生驹他们与同样想从卡巴内手里夺回“海门”的玄路、虎落、海门的人民组成“联合军”，谋划击退卡巴内的策略，但是，“海门”这个地方却埋藏着某个“秘密”……